Sebastian Werr studierte Musikwissenschaft an der FU Berlin und in Mailand, er promovierte und habilitierte sich an der Universität Bayreuth. Als wissenschaftlicher Mitarbeiter war er am Forschungsinstitut für Musiktheater der Universität Bayreuth, an der Universität München und der Hochschule der Künste Bern sowie als Vertretungsprofessor an der Universität Regensburg tätig. Seit 2017 ist er als wissenschaftlicher Mitarbeiter der Abteilung für Handschriften und Alte Drucke der Bayerischen Staatsbibliothek München beschäftigt.